《毛泽东执政思想研究》的主要目的是对毛泽东执政思想及其当代价值进行全面、客观和历史的研究。其研究方法是：以马克思主义唯物辩证法为指导，以思辨为主线，思辨与经验相结合的方法；以归纳为主线，演绎与归纳相结合的方法；理论联系实践，以理论为主，同时运用比较方法，涉及党史党建理论、政治学、科学社会主义、领导科学等学科的概念、内容和方法。